L'élimination de Cyclospora des produits alimentaires s'avère être un défi majeur. Selon un rapport de Food Safety News, ces oocystes sont nettement plus adhérents que d'autres parasites tels que Giardia et Cryptosporidium.
Les données d'une étude de 2021 publiée dans la revue Foods suggèrent qu'il n'existe aucune étape d'élimination fiable accessible aux consommateurs. Les recherches indiquent qu'aucune des méthodes testées n'a permis d'éliminer totalement le parasite des aliments.